De onderwijskundige en pedagogische principes dienen hun vertaling te krijgen in de schoolorganisatie. De organisatie kan worden omschreven in optisch waarneembare activiteiten, waarbij het klassenverband kan worden doorbroken.

Alle leerlingen verwerken een deel van de leerstof zelf, al of niet in samenwerking met medeleerlingen, naar keuze met of zonder begeleiding van een docent en op een zelf gekozen werkplek in de school.

Zij verantwoorden en evalueren zelf het leerproces en het leerresultaat binnen de reguliere lestijd. Het percentage van de werktijd op school moet voldoende zijn om de hierboven genoemde wijze te realiseren.

Er wordt per definitie een taak opgegeven die meer omvat dan het werk voor dat bepaalde moment en "voor de volgende keer" (leerstofplanning). Daar door is de leerling in staat zich een oordeel te vormen over de stappen die hij moet zetten om dagtaak, weektaak, maandtaak en jaartaak tot een goed einde te brengen.

In de dagdeling van een Daltonschool is aantoonbare ruimte voor leerlingen om volgens eigen inzichten bezig te zijn. Daltonscholen organiseren die ruimte o.a. in een Daltonstrook in het rooster. Overigens is de mate van flexibiliteit in de pedagogische uitgangspunten niet alleen zichtbaar in het rooster, maar ook in de praktische aanpak in de z.g. klassikale lessen. Scholen met een vrij werkuur zijn nog geen Daltonscholen. De schoolorganisatie dient de mogelijkheid te scheppen zodat op basis van de pedagogische en onderwijskundige principes gewerkt kan worden.